Vor bald 20 Jahren - am 10. Oktober 1997 - ernannte Papst Johannes Paul II Kothgasser zum Diözesanbischof von Innsbruck, die Weihe folgte am 23. November. In der österreichischen Bischofskonferenz galt Kothgasser als Mann des Miteinanders und der Versöhnung. Bekannt war und ist Kothgasser weiter für seinen langen Einsatz für die Beziehungen der Katholischen Kirche zu den Ostkirchen, im Rahmen derer er u.a. Patriarch Bartholomaios I. in Istanbul, dem russisch-orthodoxen Patriarchen Aleksij II. in Moskau sowie Vertretern der bulgarischen Orthodoxie begegnet war, jährlich zu einem Ökumenischen Empfang lud und sich für Stipendiaten aus den Ostkirchen einsetzte. Zu den vielen Auszeichnungen Kothgassers zählen u.a. mehrere Ehrenbürgerschaften und Ehrenpreise von Städten und Gemeinden, das Ehrenzeichen des Landes Tirol, das große Goldene Ehrenzeichen des Landes Steiermark mit dem Stern sowie das Großkreuz des Ehrenzeichens des Landes Salzburg. Eines von Kothgassers jüngsten Projekten war die insgesamt zehnjährige Mitarbeit an der neuen katholischen Einheitsübersetzung der Bibel, für deren "zeitgemäße Überarbeitung" er von der heimischen Bischofskonferenz in eine internationale Kommission entsandt worden war.

In einem Interview mit dem Tiroler Sonntag, nahm Kothgasser Bezug auf die Frage „Wenn Sie auf  Ihre Bischofszeit in Innsbruck zurück blicken: Woran erinnern Sie sich besonders gern?“ Erzbischof Alois Kothgasser erzählt: „Oh, da gibt es viel. Zunächst einmal die Besuche in den Pfarren. Je mehr ich unterwegs war, umso mehr ist mein Respekt gewachsen vor dem, was die Pfarrgemeinden leisten – meist in guter Zusammenarbeit mit den politischen Gemeinden. Ich habe immer versucht, drei Tage in einer Pfarre zu sein, damit wirklich Begegnung möglich wird – auch mit Vereinen und Betrieben. Auch die Besuche in den Schulen haben mir immer sehr viel bedeutet. Eine Besonderheit von Tirol ist sicher, wie die Menschen hier verstehen, Feste zu feiern – mit den Schützen und Musikkapellen. Man kann die Bedeutung solcher Feste für den Zusammenhalt einer Gesellschaft nicht hoch genug einschätzen. Ohne Feste, in denen Platz ist für alle, kann eine Gesellschaft nicht leben – und noch weniger die Kirche.“