Das Dekanat Innsbruck wurde mit September 2008 eingerichtet, davor gab es in der Stadt Innsbruck vier Dekanate (Innsbruck Mitte, Innsbruck Süd, Innsbruck West und Innsbruck Ost).

Zum Dekanat Innsbruck gehören die Pfarren und Seelsorgestellen im Gebiet der politischen Gemeinden Innsbruck und Rum mit Ausnahme der Pfarre Igls-Vill, die zum Dekanat Wilten-Land gehört.

Zum ersten Dekan wurde am 18.09.2008 Prälat Dr. Florian Huber für die Amtszeit von fünf Jahren gewählt. Mit der erneuten Wahl am 11.09.2013 ging er als Dekan des Dekanates Innsbruck in die zweite Amtsperiode. Mit der Wahl am 19.09.2018 wurde Mag. Bernhard Kranebitter zum neuen Dekan des Dekanats Innsbruck gewählt. Seine Wiederwahl erfolgt am 25.09.2024.