Das erste Gotteshaus der Gemeinde Biberwier war die 1611 erbaute und am 15. August 1625 vom Brixnerischen Weihbischof Anton v. Crosini eingeweihte Kapelle “auf der Geißel" - die Rochuskapelle. 60 Jahre später (1686) erhielt der Gastwirt Johann Platner die Erlaubnis, im Dorf selbst auf eigene Kosten eine Kapelle zu erbauen. Diese am 20. Oktober 1688 Jesus, Maria und Josef geweihte Kapelle wurde 1804 von Josef Sterzinger, Wirt zum Goldenen Löwen, der Gemeinde abgetreten und zugleich unentgeltlich mit dem erforderlichen Grund für eine Erweiterung oder einen Neubau einer Kirche versehen. Nachdem diese Kapelle zu klein und zudem baufällig geworden war, entschloss sich die Gemeinde Biberwier zum Bau einer neuen, größeren Pfarrkirche. Die Kapelle wurde abgerissen und auf demselben Grund begann man am 15.7.1827 mit dem Neubau der heutigen Kirche. Mit unbeschreiblichem Eifer (so der Bericht aus einer Urkunde im Turmknopf) beteiligte sich das ganze Dorf an der Beschaffung der Steine. Nur Kleinkinder und 80jährige Männer und Frauen blieben zu Hause. Diese Handlangerschichten beliefen sich auf einen Wert von 15.000 Gulden. 1830 war der Bau vollendet. Am 7. Juni 1831 wurde die Kirche von Fürstbischof Bernard Galura zu Ehren des Hl. Josef eingeweiht.

Den Hochaltar ließ die Silberleiter Gewerkschaft auf ihre Kosten um 600 Gulden anfertigen. Die Altarbilder stammen von Alois Stadler aus Imst (1830/32), die Statuen von Franz Xaver Renn, ebenfalls aus Imst. 1842 wurde die Orgel von Johann Georg Gröber aus Innsbruck aufgestellt. 1850/51 wurden die vier Glocken von Graßmayr in Wilten gegossen, ebenfalls auf Kosten der Gewerkschaft. Diese wurden leider 1916 zu Kriegszwecken eingeschmolzen. Als Ersatz dienten die beiden Glocken der Rochuskapelle, bis 1924 wieder vier neue Glocken bei derselben Firma angeschafft werden konnten. Auch diese ereilte im 2. Weltkrieg wieder dasselbe Schicksal. Nur die große Glocke konnte nach dem Krieg in Brixlegg unbeschädigt aufgefunden werden. Erst 1957 konnte das Geläute nach dem Guss der drei fehlenden Glocken wieder voll erklingen. Beinahe noch einmal hätte das Geläute verstummen müssen, als man feststellte, dass der Turm beim Läuten zu starke Schwankungen aufwies. Eine Gegenpendelanlage, 1981 montiert, beseitigte dieses Problem vorerst. Mittlerweile wurde diese jedoch wieder entfernt.

Schäden anderer Art entstanden 1923, als ein Blitz in den Turm einschlug und auch Teile des Daches beschädigte, allerdings ohne zu zünden. Der Turm wurde ausgebessert und 1927 mit Lärchenschindeln neu gedeckt. Da das Dach baufällig war, wurde es 1953 mit Biberschwänzen neu gedeckt. Diese aber waren für die Dachkonstruktion zu schwer, so dass das Dach die Kirchenmauern hinausdrückte. Ein Zusammenhängen der Mauern in den 1970er-Jahren brachte keinen Erfolg.

Deshalb wurde 1984 vom Kirchenrat eine Gesamtrenovierung beschlossen und bereits 1985 wurde das Biberschwanzdach durch ein leichteres Lärchenschindeldach ersetzt. 1986/87 wurde die Außenfassade erneuert. 1989 begannen die Vorbereitungen für die Innenrenovierung, die dringend notwendig war, da seit 1929 nicht mehr viel geschehen ist. Am Pfingstdienstag 1990 wurde die Kirche für ein halbes Jahr geschlossen und mit den Vorbereitungsarbeiten begonnen. Der Entwurf für die Decke und das Deckengemälde stammen vom Ehrwalder Künstler Wolfgang Schennach. Die Restaurierungsarbeiten, auch jene der Altäre, der Kanzel und der Beichtstühle, übernahm die Firma Pescoller aus Bruneck. Bis Ende August 1992 waren die Restaurierungsarbeiten abgeschlossen. 1997 wurde die Gröber-Orgel vom Biberwierer Orgelbauer Thomas Sittler restauriert und mehrere Dinge an ihr rekonstruiert, wie etwa die ursprüngliche Disposition oder die alte Balganlage.